学校逐步增强科学研究水平，着力提升学科建设质量。“十三五”期间，新增国家级项目52项，省部级项目229项。五年科研总经费达27466.18万元。省级科技三大奖取得突破，获得三等奖2项，参与获得一等奖1项。新增三大检索、CSSCI收录论文493篇，专利301项，专著47部。获云南省重点实验室1个、工程技术研究中心1个、高校重点实验室4个、高校科技创新团队3个、高校工程研究中心1个，市级重点实验室2个，市厅级科技创新团队2个，智库1个，区域性地方研究院（中心）4个，“昆明市河湖生态健康评估与修复领域——张全兴院士工作站”成为学校高水平标志性科研平台。