环境工程专业属于环境科学与工程一级学科下设的一个二级学科，于2002年10月获得环境工程硕士学位授予权。本专业依托于水污染防治及其水资源循环利用技术实验中心、大型环境模拟风洞、空气污染控制工程实验中心等特色实验室，获批为上海市085知识创新工程、环境科学与工程重点实验室建设项目。环境工程专业主要研究运用工程技术和有关学科的原理和方法，保护和合理利用自然资源，防治环境污染，以达到改善环境质量的目的。本专业师资队伍结构合理，实力雄厚，具有承担国家重大和上海市等地方重大、重点及重要科技攻关项目的能力。

指导教师：黄远东教授，张道方教授，陶红教授，崔立峰教授，邓保庆副教授，陈维芳副教授，常飞副教授，周海东副教授，刘洪波副教授，伊学农副教授，郭少为副教授，纪桂霞副教授，徐苏云副教授，黄蓓佳副教授，王燕刚副教授，张晓东副教授等