自2004年起，学院与上海财经大学合作开展在职攻读会计硕士专业学位（MPAcc）教育，成为国内首批开展会计硕士专业学位（MPAcc）教育工作的单位。

2011年3月，国务院学位委员会授予上海国家会计学院专业硕士学位授予权（单位招生代码80402），学院开始独立开展会计硕士专业学位（MPAcc，代码为125300）、审计硕士专业学位（MAud，代码为125700）人才培养工作。2015年和2020年，经全国会计专业学位研究生教育指导委员会认证，学院两度获批会计硕士专业学位教育质量认证（Accreditation for Accounting Professional Education Quality，简称AAPEQ）A级成员单位。