系统科学采用系统论的原理和方法, 结合数学物理方法与信息科学技术等现代研究工具, 研究系统的结构与功能关系、演化和调控规律, 并在自然、技术、和社会诸多领域得以发展和应用. 系统科学包括, (1)系统理论, 揭示各种系统的共性和演化过程中所遵循的共同规律; (2) 系统分析与集成, 系统科学理论和方法应用于实际系统，为系统实现最优控制和高效管理提供理论依据与各种行之有效的集成方法；（3）复杂系统建模与调控，认识、干预和控制系统的宏观涌现性行为。

上海理工大学系统科学学科始建于1979年，是全国最早建立的同类学科之一, 1995年成为原机械工业部重点学科. 1993年获硕士学位授予权，2006年获系统分析与集成博士学位授予权. 自2008年以来，在上海市重点学科、上海市一流学科、上海市高峰学科建设等项目支持下，逐步成长为国内有重要影响和地位的学科，在第四轮学科评估系统科学学科中排名第3位. 自2018年起纳入上海市双一流学科建设项目. 本学科现有教授14名，博士生导师10人，上海市（青年）东方学者4人，曙光学者1人, 依托上海理工大学管理学院系统科学与工程系，致力于系统科学的理论与应用研究, 取得了一批在国内外有影响的研究成果, 发表包括PNAS在内的高水平论文150余篇，其中ESI高被引论文5篇。