学校设有临床医学院、麻醉学院、医学影像学院、法医学院、口腔医学院、护理学院、药学院、人文与管理学院、公共卫生学院、检验学院、医学信息学院、公共基础学院（创新创业学院）、基础医学院、马克思主义学院、研究生学院、继续教育学院等16个二级学院。

      学校有13个省级科研平台：安徽省多糖药物工程技术研究中心、活性生物大分子研究安徽省重点实验室、大学生心理健康教育研究中心安徽省人文社会科学重点研究基地、重大疾病非编码RNA转化研究安徽省普通高校重点实验室、安徽省皖南地区植物药活性筛选与再评价工程实验室、国家老年疾病临床医学研究中心安徽分中心、安徽省危重症呼吸疾病临床医学研究中心、国家中医药管理局中药药理三级实验室、安徽省药物临床评价中心、国家药物临床试验机构、安徽省口腔材料与应用转化工程研究中心、皖南医学院高校公共卫生危机管理重点实验室、代谢性疾病药物基础研究创新中心。

  学校初步形成以医学为主、多学科协调发展、布局合理、特色鲜明的多层次办学格局。学校临床医学学科进入ESI全球排名前1%，入选安徽省高峰学科，3个学科入选省高峰培育学科。现有本科专业30个，涵盖医、理、工、管、经、法6个学科门类，其中国家级一流专业4个、省级一流专业10个，国家级特色专业1个、省级特色专业9个，国家级专业综合改革试点专业1个、省级专业综合改革试点专业11个。

       皖南医学院为国家改革开放后首批的硕士学位授权单位，经过四十多年的发展，目前已具有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、生物学和马克思主义理论6个硕士学位一级学科授权点和临床医学、口腔医学、应用心理、药学、护理和公共卫生6个硕士专业学位授权类别。

       目前拥有硕士研究生导师900余名，培养单位有皖南医学院第一附属医院、皖南医学院第二附属医院、中国科学技术大学附属第一医院（安徽省立医院）、芜湖市第二人民医院、浙江省人民医院、中国人民解放军东部战区总医院等40余家，至今共培养各类毕业研究生近4000人。

目前在校研究生1600余人。