不区分院系所

省级重点实验室3个、省级工程技术中心1 个、院士工作站1个。

在强化科研条件建设的基础上，学校抓住发展契机积极申报省级重点实验室，先后于2004年和2007年获批2个安徽省高校省级重点实验室，分别是感染与免疫安徽省重点实验室（第一批）和组织移植安徽省重点实验室（第二批）；2008年“安徽呼吸系病临床基础省级实验室”获省科技厅批准立项；2009年“安徽省生化药物工程技术研究中心” 获省科技厅批准立项；2011年，“蚌埠医学院安徽省院士工作站”经省人民政府与中国工程院签署合作协议，正式在我校成立。

省级重点学科5个：临床检验诊断学、内科学（呼吸系病）、外科学（骨外)、外科学(胸心外）、外科学（血管外科）。