学校医学及相关学科门类齐全，已形成学士、硕士、博士、博士后完整的教育培养体系。设有临床医学（“5+3”一体化）等33个本科专业。拥有临床医学、药学、基础医学、公共卫生与预防医学4个博士学位授权一级学科点，35个博士学位授权二级学科点；有13个硕士学位授权一级学科点，65个硕士学位授权二级学科点；拥有1个博士专业学位授予权学科，8个硕士专业学位授予权学科。建有药学、临床医学、公共卫生与预防医学、基础医学4个博士后科研流动站。拥有1个国家重点学科，2个国家中医药重点学科，14个国家临床重点专科建设项目，3个省级学科建设重大项目，18个省级重点学科，25个安徽省临床重点专科。临床医学、药理与毒理学、公共卫生与预防医学、药学、生物学等5个学科获安徽省属公办普通本科高校一流学科奖补资金项目，药学学科入选安徽省高峰学科建设计划。临床医学、药理学和毒理学、分子生物学与遗传学、生物与生物化学、免疫学等5个学科进入ESI全球排名前1%。
      学校建有3个教育部重点实验室，1个国家卫生健康委员会重点实验室，32个省部级科技平台。有1个教育部科技创新团队，2个安徽省科技创新团队，3个安徽省“115”产业创新团队，3个安徽省高校科研创新平台团队，1个安徽省高校智库。 国家自然科学基金立项数连续16年保持省属高校领先地位。研究成果分别入选2010、2014年度中国科学十大进展和2012年度中国高校科技十大进展。获国家科技进步二等奖1项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖一等奖1项、中国青年科技奖2项、中华医学科技奖一等奖4项,安徽省自然科学奖一等奖5项、二等奖7项。先后在《细胞》《新英格兰医学杂志》《自然遗传》等国际著名SCI刊物发表多篇高水平论文。
      学校现有4个国家级高校特色专业建设点，2个国家级专业综合改革试点，3个国家级卓越医生教育培养计划项目，1个国家级教学团队，2门国家级精品课程和2门国家级精品资源共享课，2个国家级实验教学示范中心，1个国家级虚拟仿真实验教学中心，1个国家级临床教学培训示范中心，73个国家级住院医师规范化培训基地，8个国家级专科医师规范化培训基地，3个国家级产学研教研项目。2个国家级示范性虚拟仿真实验教学项目。1门课程入选教育部来华留学英语授课品牌课程。获得国家级教学成果二等奖1项。
      学校编辑出版的具有CN刊号的医学学术期刊有《安徽医科大学学报》《中国药理学通报》《临床与实验病理学杂志》《中华疾病控制杂志》等12种，其中CSCD核心期刊3种，北大核心期刊4种。 校图书馆藏书136万册，是全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆，为安徽省高校数字图书馆医学分中心、教育部科技查新工作站。